главное не в чем он пишет, а на чем, MS Visual Studio это всего лишь среда, с таким же успехом можно написать прогу на дельфи или борлад Си++ дилдере.
исходник проги автора я не видел, но вероятно написана на Си,
с Cygwin не знаком, но судя по архиву это скорее всего это просто так называемые библиотеки поддержки, кстати их вероятно можно прикомпилить статически.
а вот на чем пишет ваш друг остается только догадываться, т.к. студия имеет очень широкий спектр для разработки, начиная от мобильных устройств и заканчивая сайтами и тоже самое по части поддержки языков программирования.
честно говоря не понимаю для чего эмулировать unix на винде, ведь все равно придется устанавливать драйвера для того же I2c USB переходника, но это скорее дело вкуса и предпочтений