Ок , понял проблему.

В начале флехи в первых байтах есть параметры размера и режима флехи, точный адрес и точные данные для правки сходу не подскажу, это нужно искать в документации на сдк.

Всякие ардуино ide не используют эти значения для определения размера похоже, там уже не оригинальный сдк

Вот это уже по делу, но всё ещё присутствуют сомнения, что я что-то не правильно вам объясняю. Я флешку перед каждой прошивкой стираю и на ней все 4096к нули. Поэтому как там может быть не оригинальный сдк? Как там вообще может быть что-то, кроме 0? Прошивал я файл скомпилированный в конструкторе, сдк версия 1.5.4.1. скачивал одним файлом и тремя. Три файла объединял в один с помощью winhex, размещая по адресам, лоадер 0000, тело прошивки я так понимаю начинается с адреса 1000, и какие-то настройки 81000. Всё остальное пространство забивал нулями или FF. Модуль вообще не стартует - один кратковременный вспых синего светодиода esp-12f, если 81000 не записывать, то модуль стартует, но с вышеописанными проблемами. Вчера даже попробовал в конструкторе много модулей выбрать, думал может размер прошивки будет больше 500к, то может и флеха правильно заработает, но конструктор ругнулся и пришлось снять кучу галок, в итоге размер порядка 318к, но безрезультатно. Подскажите, юзер1 и юзер2 присутствуют в "Скачать одним файлом 0000" или только юзер2?

Данные ячейки памяти получается находятся в бутлоатере. Который в начале флехи.
Получается нужно править байты в бутлоадере
Одним файлом шьётся только юсер1

А ваш конструктор это никак не учитывает? Получается, что эти изменения вносит прошивальщик. Странно в РТОС видимо другой метод, потому как там всё прошилось и определилось правильно. Нельзя ли в простой 8266 сделать пункт в firmware upgrade прошить вручную файлом как в РТОС?

Прошивальщик сам правит эти байты, толку от того что их будет править конструктор никакой.
НеРТОС многое не позволяет делать. Так что загрузки прошивки там не ожидается, если не переписывать все очень глобально- по сути писать свой сдк и делать новый конструктор.

Можно ли слить дамп с работающей есп методом, который указан в описании как сохранить настройки, точно не помню, но что-то вроде ИП адрес/configsave.bin. У меня есть ещё одна работающая есп на вашей прошивке с ОТА, но нет возможности подрубиться к ней по юарт.