Предлагаю добавить обновление по воздуху.
В конструкторе собираем прошивку, ей присваивается уникальный ID на 10 минут. Заходим в интерфейс модуля, вводим ID прошивки, нажимаем "обновить". ID на короткий промежуток, что бы не обновить свой модуль (или несколько своих однотипных) чужой прошивкой.
Перед обновлением дублируем кусок памяти с настройками в другую область.
После первой загрузки модуль загружается в аналог SafeMode, в котором настройки берет из ранее продублированной области, плюс снимается watchdog.
После донастройки модуля, новые настройки сохраняются по обычному адресу. Перегружаемся уже в рабочий режим.